BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

もう二度とモモシキに意識を乗っ取られないために、ある決死の覚悟を決めたボルト。一方カワキは、アマドの施術によって甦ったカーマを使いコードを追い詰めてゆく。ナルトの命を脅かすすべての者を排除するためには手段を選ばないカワキの戦いは圧倒的で、シカマルはその強大な力に戦慄し、コードは今の自身とカワキとの力の差を思い知ることになる。“兄弟”として共に様々な困難を乗り越えてきたボルトとカワキの関係にも不穏な影が漂い始める中、かつてモモシキがボルトに告げた、“すべてを奪い去る運命”のときが迫る――!!

激闘の最中、カワキの不安が的中し、突如ボルトがモモシキに意識を乗っ取られてしまった。“大筒木モモシキ”としてコードを圧倒するその力に目を見張るカワキ。そこにシカマルを伴ってナルトが到着した。カワキはコードの標的であるナルトの身を案じるが、そんな思いをよそに、ナルトは“火影”としてコードに立ち向かおうとする。ところが、シカマルを人質にとったコードにモモシキが味方をし、かつての恨みを晴らそうとしたことで、ナルトは絶体絶命の危機に立たされてしまう。

カワキのもとにたどり着いたボルトがカワキを助け、ともにコードを倒すことを決めた。高い戦闘力を持つコードに対抗するため、カーマを発動させるボルト。これに対しコードも自身のカーマを発動。戦いは激化し、カワキはボルトが再びモモシキに意識を乗っ取られるのではないかと不安になる。
一方、木ノ葉隠れの里では、誰にも気づかれず姿を消したボルトとカワキの行方を探すため、七代目火影・ナルトが、自ら捜索に向かうことを決める。

コードから命を狙われる危険があることから、監視役がつくことになったボルトとカワキ。連日見張られていることにうんざりするボルトだが、そんな中、シカダイやいのじんとの会話から、監視の目と里の感知システムをかいくぐる方法を思いついたカワキは、何としてもナルトと木ノ葉隠れの里を守ろうと決意し行動を起こす。感知能力に優れたナルトや里の感知班ですらそのことに気づかない中、なぜかボルトだけが不思議な感覚によってカワキの動きを察知する。

楔（カーマ）が消えたことで力を失ったカワキは、今のままでは、ナルト自身や“火影”であるナルトが大切に思っている里を守れないと焦っていた。そんなカワキの心を見透かしたように挑発的な言葉をかけるアマドにカワキは苛立ち、アマドの助手としてその場に居合わせたスミレは、アマドが何か企んでいるのではないかと不安に駆られる。
その頃、復讐のためにエイダと手を組んだコードは、エイダからもひとりの協力者としてある人物を紹介される。

コードに対抗する力をつけるため、カワキを誘い、サラダやミツキとともに修業に励むことにしたボルト。ところがボルトたちは、すぐにでも強くなりたいと焦るカワキと修業方針でもめてしまう。
一方、ボロの教団施設では、アマドによって造り出され、現在と過去のできごとを自由に見ることができる“千里眼”の能力を与えられたエイダを目覚めさせたコードが、彼女の持つもうひとつの能力に翻弄される。

ボルトたちが倒した大筒木（おおつつき）イッシキを崇拝する「殻（カラ）」の幹部・コードが、とある人物に会うため、同じく幹部だったボロの教団施設を訪れた。カワキ同様イッシキの“器（うつわ）”となる者を選別する実験で奇跡的に生き残ったコードは、リーダーだったジゲンを超える力を手に入れており、イッシキを破滅させたボルトやカワキたちへの復讐を誓っていた。
一方、里のすぐ外でコードが残した痕跡、“爪痕（つめあと）”が見つかった木ノ葉隠れの里では、火影（ほかげ）たちが警戒を強める中、ボルトがカワキからある提案を持ちかけられる。

タタル天文学研究所に突如竜獣の大群が出現し、研究所は大混乱に陥る。所長のザンスールが恐ろしい野望を抱いていることを知ったサスケとサクラは、二手に分かれこれを阻止しようとするが、先に研究所内へと戻ったサクラが混乱の中で起こった崩落に巻き込まれてしまう。一方、ザンスールとその協力者の存在に気づいたサスケは、サクラと合流しようとするが、危機に瀕しているサクラを見つけることができずにいた。
サスケとサクラ――　木ノ葉隠れの里（このはがくれ　の　さと）の最強夫婦は、ザンスールの野望を打ち砕き、病に苦しむ友のために、無事、極粒子を持ち帰ることができるのか!?

協力し合い極粒子に関する情報を集めるサスケとサクラ。だがいまだに謎は多く、そのありかを見つけられずにいた。そんな中サスケは同房の囚人の言葉から極粒子のありかを示す手がかりをつかみ、一方のサクラも、以前、囚人のひとりと勝負した“星ならべ”というゲームから天体絵図の謎を解くヒントを見つける。ようやく必要な情報が集まり、いよいよ極粒子を手に入れようとするふたりだが……?

極粒子に関するさらなる情報を求めるサスケとサクラは、首都から宰相の使者が訪れる機会を狙い、研究所の所長・ザンスールの部屋にある地下室を探ることにする。サクラが宰相の使者に変化（へんげ）して時間を稼ぎ、ザンスールの目を欺いている間に、サスケが地下室へと潜入しようとするものの、作戦は簡単に進まずふたりは焦る。そんな中、ザンスールが会話の中である不穏な言葉を口にする。